تتبع مؤسسة من أجل يمن مشرق الخيرية العديد من الإجراءات للتأكد من أن التبرعات تصل إلى المستحقين المناسبين، وذلك لضمان شفافية ومصداقية عملياتها. وتشمل هذه الإجراءات مراجعة أوراق الطلبات وتحديد الفئات المستحقة للمساعدة، وإجراء المسوح الاجتماعية والمالية اللازمة للتحقق من صحة المعلومات الواردة في الطلبات، وتوفير التقارير الدورية التي توضح كيفية استخدام التبرعات والنتائج التي تم تحقيقها، ونشر البيانات المالية والتقارير على الموقع الإلكتروني للمؤسسة والإعلان عنها بشكل شفاف. وتتعاون المؤسسة مع الجهات المانحة والمؤسسات الأخرى لتحقيق أهدافها، وتوثيق الاتفاقيات والشهادات اللازمة لإثبات صحة العمليات المالية والإدارية. وبالإضافة إلى ذلك، تتبع مؤسسة من أجل يمن مشرق الخيرية المعايير والأنظمة الدولية المتعلقة بإدارة المنظمات الخيرية وتفعيل الرقابة عليها، مثل معايير الجودة ISO والمعايير المحاسبية الدولية IFRS.